主體建筑長144米，寬65米，高24米，主體三層、局部五層，采用主體二層以下集中布局、3層分散布局的獨特方式。該建筑可以說是"新鄉土主義"建筑風格的最典型代表。其平面呈簡潔的長方形集中式布置，建筑下半段只是一個簡單的長方形，在上半段開裂為類似山體的形狀。兩層以上，建筑突顯開裂狀，微微傾斜，演繹成抽象的山體，這種形體的變化使建筑整體成向南滑動的獨有態勢，宛如行進中之巨舟，耐人尋味。人們從中部一個扁平的，跨度30m的穿洞進入博物館。在建筑內部，兩層以上高低起伏的公共活動平臺，從建筑整體窿起出五個單體，各具狀態，形神兼備，內觀整個結構，包括三道有大階梯的山谷，兩道在室內，一道在室外；四個洞，分布在入口、門廳和室外山谷的峭壁邊側；四個坑狀院落，兩個在中心，兩個在幽深之處。一種山體類型學疊加在上面，公共空間永遠是多路徑的，它從地面開始，向上分叉，形成一種根莖狀的迷宮結構。也用來適應一直不確定的展覽內容。觀照整個空間，虛實相間，似又成傳統街區的格局與尺度；同時水域向北環繞建筑外圍，使建筑環境具有江南水鄉田園般詩情畫意。