博物館內部是熱帶雨林花園和生物圈，將由Bruce Mau Design設計公司以及來自史密森尼學會（The Smithsonian Institution）和巴拿馬大學的科學家共同設計。博物館中的展品將會向觀眾展示，在300多萬年前，巴拿馬地峽的出現是如何改變了全球的生物多樣性，動物是如何遷徙到新大陸的。地處生物多樣化的中心地帶，巴拿馬的生物博物館將努力向人們展示自然界的奇觀，從而也強調對自然的保護。