我國自然保護區事業在發展過程中，依然還存在一些亟待解決的困難和問題，主要表現在：

　　1. 自然保護區法律法規建設滯后。我國《森林和野生動植物類型自然保護區管理辦法》（1985年）和《中華人民共和國自然保護區條例》（1994年）經過了20-30年的變化，相關規定已不適應當前發展需求。如，我國所有的保護區基本是世界自然保護聯盟的第一種類型——嚴格保護型，并實施統一的管理模式，但各類型的自然保護區實際情況差別極大。

　　2. 自然保護區管理權屬不清、機構不健全。國家級林業自然保護區大多為省直管理單位，也有的由市縣地方政府相關部門管理，而保護區發揮的巨大生態服務功能卻遠遠超出保護區所在行政地市和縣區。因此，保護區與地方政府的管理權、經營權和受益權的相互掣肘不可避免。

　　3. 林地、濕地管理權歸屬不明確，保護責任不統一。自然保護區的林地、湖泊濕地大都屬集體（個人）所有，只有少數保護區有少量的自有林權。保護區管理機構依據相關法律法規對林（湖）資源實施嚴格保護，與社區居民擁有林（湖）使用權和收益權明顯有矛盾和沖突，較難協調。由于濕地類型自然保護區的管理責任涉及林、漁、水、農等十幾家管理部門，職能交叉、多頭管理，但“多不管理”的現象嚴重。

　　4. 自然保護區生態補償機制不健全?！吨腥A人民共和國自然保護區條例》規定“禁止在自然保護區內進行砍伐、放牧、狩獵、捕撈、采藥、開墾、燒荒、開礦、采石、挖沙等活動”，導致社區群眾無經濟來源，只能“望林興嘆”。而僅有的生態公益林補助標準太低，且濕地至今沒有任何補償，使得群眾對自然保護區保護事業參與積極性不高，甚至有抵觸和破壞情緒。

　　5. 自然保護區專業技術人員嚴重不足。很多保護區所在地都是經濟欠發達的偏遠山區，存在生活和工作條件差，交通不便、收入較低、子女入學難等諸多問題。各級自然保護區很難引進專業技術人才，即使引進了也難以留住，導致自然保護區管理人員中專業人員嚴重不足，大多仍以原林場職工為主，嚴重制約了自然保護區資源考察和科技管理水平的提升。此外，保護區工資待遇差距較大，也是影響職工積極性的重要因素。

　　幾點建議：

　　1. 加快完善相關法律法規。建議盡快修改《自然保護區條例》，進一步明確自然保護區管理體制、管理機構性質、機構級別等建設要求，規范自然保護區建設和管理。有條件的與國際上先進的自然保護區分類管理體系盡快接軌。

　　2. 逐步解決林地權屬問題。一方面，中央或地方政府通過劃撥、贖買或長期租賃的方式，將保護區山林權屬收歸國有，逐步提升自然保護區自有林地權屬比重；另一方面，要利用當前國有林場改革的契機，要求地方政府將國家級自然保護區的國有林權屬劃歸自然保護區所有，逐步解決自然保護區林地管理的責、權、利不統一的問題。

　　3. 建立健全生態補償機制。將自然保護區所有林地全部納入國家重點生態公益林，提高自然保護區內生態公益林補償標準，并盡快建立濕地生態補償機制，積極探索水、電、旅游等經營收入轉移支付補償辦法。

　　4. 加大保護區資金投入。一要把保護區運行經費納入省級財政預算。二要設立自然保護區基礎設施建設專項資金，專項用于加強地方級自然保護區基礎設施建設。三要提高自然保護區專項補助資金標準，加強自然保護區的巡護管理、科研監測、社區共建、宣傳教育等基礎工作。

　　5. 加大對保護區社區建設的扶持力度。保護區周邊社區對林地保護作出了巨大貢獻，但生活貧困。建議盡快加大投入，幫助其經濟轉型和發展。一要設立自然保護區社區建設專項扶持資金，由中央財政的專項資金和省級配套資金支持，重點加大自然保護區社區發展投入，著力解決好集體林區（湖區）群眾生計和移民問題，幫助貧困林戶、農戶轉產轉業。二要提高保護區生態公益林補償力度，提高補償標準，使林農直接受益。三要盡快出臺野生動物損害賠償細則，兌現生態補償承諾。

　　6. 加強保護區管理職能和管理水平建設。一要賦予保護區強大的執法權力，可以根據《自然保護區條例》規定在保護區設立森林公安的派出機構嚴厲打擊非法砍伐、偷獵等違法行為。二要推進管理體制改革。把國家級自然保護區列入參照公務員管理單位，使自然保護區工作人員的工資和其他待遇不低于同一地區的公務員水平。